O Supremo Tribunal Federal (STF) decidiu que o Imposto sobre Serviços de Qualquer Natureza (ISS) incide sobre as operações realizadas por farmácias de manipulação que envolvam o preparo e o fornecimento de medicamentos manipulados sob encomenda. Por sua vez, sobre os medicamentos de prateleira ofertados ao público consumidor, recai o Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS).
De acordo com a Constituição, compete aos municípios a instituição do ISS e, aos estados, a do ICMS. Este (o ICMS) incidirá também sobre o valor total da operação, mas somente quando as mercadorias forem fornecidas com serviços não compreendidos na competência tributária dos municípios.
